У сына отсрочка до 2 октября, защита диссертации в конце ноября, институт отсрочек больше не дает .Что делать?

ВУЗ вообще не имеет право давать отсрочки, т. к. такое право есть только у призывной комиссии. Если ваш сын получал отсрочку на время обучения в аспирантуре, то у него еще есть право на отсрочку на время защиты квалификационной работы не более 1 года. Так что ему нужно взять в ВУЗе справку о дате защиты и отнести ее в военкомат. Больше от него ничего не требуется. Его потом вызовут в военкомат для прохождения призывных мероприятий, результатом которых будет получение отсрочки на время защиты.

Договариваться с военкоматом, чтобы сына забрали в армию в конце призыва.

пусть лучше со своим призывом идёт, потом не уютно себя чувствовать будет, да и служить то год всего ( даже не заметите) ...

лучше всего не делать ничего. в том числе никуда не ходить.

В деревню поехать к бабушке, это не запрещено законом.

А институт отсрочками не занимаеться и предоставить её вашему сыну он не мог. А ему надо обратиться в военкомат со справкой о дате защиты и он получит отсрочку на время защиты.