Если чёрное пятно снизу у помидора -- признак нехватки воды !
Чёрная дырочка -- кто-то прогрыз? Если зелёная гусеница, у меня тоже встречалось такое, то надо весной до цветения купоросить ( спичечный коробок купороса сухого на ведро вода и потом мыло растворяем для прилипания, мыло сворачивается в хлопья -- пора брызгать ) . Брызгать надо и землю возле растения . Потом присыпаю 3-4 см коровьим перегнившим навозом . По мере полива добавляю присып навозом под корень . Навоз прекрасно защишает помидор от множества болезней и держит влагу .
До цветения нужно было обработать препаратами меди, теперь поздно, снимайте томаты бурыми и пусть дозревают в помещении.
Снимайте зелеными. Опустить их в горячую воду на минутку, потом обтереть мягкой тряпочкой и положить в помещении на дозревание в плетеную корзину.