как задать кодировку в файле на php. я пишу в переменную в файл, как мне задать кодировку файла?

Нет такого понятия как "кодировка файла".
Есть, например, "кодировка содержимого файла".
А тут уж в какой кодировке покладете - в той лежать и будет.
И в каждом месте, где что-то в файл пишется - надо эту кодировку и использовать/преобразовывать и т. п. Нет такой фишки как "указал один раз и все по мановению Гейтса (Линуса, Джобса, еще кого... ) все пишется в определенной кодировке".