Влияют ли ошибки как то на систему ?

смотря какие))) если Blue screen то несомненно....

на какую систему?
есть системы с реальной и виртуальной адресацией памяти (винда с виртуальной)
в случае с реальной адресацией любой проге выделяется кусок памяти, который нельзя ничем больше занять, и чаще всего увеличить тоже нельзя, но прога видит и может писать. читать любой (не только свой) участок памяти и не дай Бог там чёт некорректно запишет.. .
плюс такой системы в том, что она в разы быстрей (прицелы на мигах 16 целей держат одновременно и ракеты по ним наводят в реальном времени а там пентиум 3 стоит) винде вобще такое не под силу на любом проце.. (см. ОС реального и нереального времени)
в системах с виртуальной адресацией у каждой программы есть якобы (для 32разрядных) 4гб свободной памяти она может быть на жестком диске (кэш) или в оперативе программа с процессором тогда "общается" не на прямую, а через табицу в которой виртуальная память (адреса проги) ставится в соответствие с физической (адреса на оперативе, диске... ) это занимает большую часть процессорного времени но оберегает от ошибок типа одна программа записала данные в область другой.. . между собой программы обмениваются данными через спец порты в этом случае
З. Ы. это объяснение "на пальцах" и "как я понял" правильные термины и более точное описание процессов легко найти в соответствующей литературе

Неизвестный формат файла - это проблема пользователя, а не системы) Если конечно он не из-за того, что ты какой-то важный формат из реестра удалил)