с 14 сентября у нас новая ставка рефинансирования, 10 сентября подписывали кредитный договор, что будет?

Ничего не будет! С чего Вы такое взяли, что ставка рефинансирования влияет на условия кредитного договора? Какая ставка указана в договоре, такая и будет действовать. Изменению не подлежит.