если отгулы 26 дней, считать ли выходные

Нет не входят. Если Вы работали сверхурочно, то Вам должны либо оплатить в полуторном или в двойном размере часы переработки, либо предоставить отгулы - тоже количество часов, что и сверхурочная работа и естественно в рабочее время.

рассчитывается по календарным дням, а не по рабочим

Уважаемая Ольга Ивановна! К сожалению, такого понятия " отгулы" в Трудовом кодексе нет. Поэтому, что это у Вас за дни остается догадываться. Это может быть и переработка, и работа в выходные и нерабочие праздничные дни, отзыв из отпуска. И в каждом случае есть свой порядок предоставления компенсаций за отработанное время. Было бы не плохо, если б Вы уточнили б свой вопрос...