CSM это движок для сайта (с каким-нибудь стандартным шаблоном) .
Тебе остаётся установить, прикрутить нужный шаблон и наполнить контентом.
Но в CSM много лишних функций (а значит и кода, а значит и веса всего сайта) , ведь CSM расчитана для всех пользователей. Т. е. неизвестно, что требуется пользователю и поэтому так много модулей, плагинов и т. п.
+ всё чаще вижу, что у владельцев CSM часто вылазиют ошибки php кода.
Сайт с нуля это когда ты сам напиши полностью сайт. Начиная с вёрстки шаблона и заканчивая написание движка.
Итог:
Будет свой движок который уже настроен для твоего сайта и в нём не будет ничего лишнего и будут только нужные тебе функции, а не на все случае жизни. Тем самым ты будешь знать как работает твой сайт и при возникновении ошибки быстро её устранишь. + никакого лишнего кода по сравнению с CSM (а значит и весить сайт будет меньше) .
Единственное, что движок будет как бы являться csm, но заточеный именно под твой сайт. Хотя самописный движок трудно назвать csm.