Смотря какая Ваша цель. Если Ваша цель получить многомесячную головную боль с оформлением бумаг и потратить (небольшие впрочем) деньги, то, конечно, НАДО. Потому как никакой реальной защиты патентное право в РФ не обеспечивает. Лучше продумайте какие то защиты в самой программе. Активации, защиты от копирования, уникальные записи в реестр.
Предположим, получили Вы патент, и поймали конкретного человека, который использует Вашу программу не купив. Не просто "увидели", а зафиксировали протоколом (полиция лучше всего) этот факт. С паспортными данными нарушителя. Вот тут то вот патент и пригодится. Что бы доказать, что Ваше. И в суд пирата, денег с него снять. Согласитесь это мало реально.
Реальнее сделать все что бы максимально осложнить использование пиратских копий. И установить низкую цену на ПО. Придумать очень простой способ оплаты этих небольших денег (доступный всем и всегда) типа SMS сервиса (но там комиссии большие) . Что бы пирату было просто лень обходить Ваши защиты.