Работник, подписавший расписку что должен Х т. р и согласен на высчитывание из з/п по 1 т. р уволен. Он остался должником?

Вопрос о том должник или нет
1.Конкретно кому должны деньги? ООО, ИП или физлицу? Магазин это на лицо, не участник правоотношений
2.Чем подтверждается недостача? Есть первичные доки акт или иное?
3.Как оформлялась передача (удержание денег) денег?
Честно говоря я сильно сомневаюсь в правдивости вашей истории, но допускаю, что может и быть…
Практический совет:
Прекратите платить, и предложите решать вопрос в судебном порядке, ей нужно будет доказать, что вы были работником и долг возник в результате вашей нерадивой деятельностью, дайте «хозяйки» ссылочку на ст. 19 ФЗ от 24.07.98 г. № 125-ФЗ «Об обязательном социальном страховании от несчастных случаев на производстве и профессиональных заболеваний» . Работает ФСС исключительно штрафик обеспечен. По аналогии то же с ПФР и Трудовой комиссией.
Если интерпретировать вашу расписку как заемную, то хозяйка должна будет подтвердить, что передавала вам в долг деньги или мат ценности, иначе недействительность обязательства по безденежности.
В случае «наездов» а ля 90 полиция вам в помощь, хотя за долю от 40 бандиты не подпишутся. Но шантропа может. Придется на 1-2 месяца глаза на затылке вырастить.