Чем matter отличается от substance? и как они оба переводятся на русский химический?

все верно, причем сколько читал химические статьи на англ. языке, что то слово matter не припомню чтоб вообще употреблялось. или substance (смысл уже объяснили) или иногда intermediate - промежуточное соединение в многостадийном синтезе или промежуточная частица при рассмотрении механизма хим. реакции.

matter - это вообще слово из общей лексики, а не из профессиональной, если можно так сказать. т. е. , положим, в художественной лит-ре еще можно, наверное, прочитать типа solid matter (твердое вещество) , но в специальной лит-ре точно не найдете. и вообще, кроме прямого значения "материя", слово matter имеет еще кучу дополнительных значений, в зависимости от контекста. в том числе "сущность", "материал", и т. д.

а substance - это конкретно именно химическое вещество.

разница примерно такая же как между словами sunny и solar.
солнечный день - sunny day (общая лексика)
солнечное УФ-излучение - solar UV-radiation. (узкоспециальная)