Компьютер удаляет файлы после перезагрузки

Значит эти файлы заражены, или опасны. Вы можете конечно занести всю папку "загрузки" в -исключения- но лучше не стоит. Если там правда вирус, то позже вам уже никакой антивирус помочь не сможет. А возможно, что файлы и не удаляются, а заносятся в "карантин" и позже если все будет нормально они вернутся обратно в эту папку. Это уже надо смотреть в настройках программы зашиты компьютера. Которая стоит у вас.