При открытии любой папки или например браузера, окно начинает мигать, открываясь то в полноэкранном режиме, то в оконно

Обновите драйвер видеокарты. Можно попробовать отключить всякие визуальные эффекты, если у Вас W7. Еще можно поискать ошибки в реестре, например, с помощью CCleaner. В конечном итоге может потребоваться переустанавливать Windows.
Если думаете, что это вирусы, то поменяйте антивирус.