куда обратиться если на таможне незаконна арестовали автомобиль?

Смотря в чем заключается "незаконнасть" его ареста

а в чем такая уверенность что это было незаконно. и что это было арест или задержание ТС. вам выдали протокол?

если при этом составлен соответствующий протокол, то необходимо его обжаловать