Если я хочу вернуть подоходный налог за обучение, смогу ли я потом вернуть еще 13% с покупки квартиры?

Да. Это разные статьи.

Если доход позволяет, то никаких проблемм. Обучение, лечение и недвижимость не взаимозаменяемые.