Где сейчас делают загранпаспорта Москва ?

В паспортном столе по месту Вашей регистрации.

В ОВИРе вашего района. Тут.

В ФМС. Не в ЖЭКе.

Теперь (с этого года) в каждом районе Москвы есть "Многофункциональный центр предоставления государственных услуг",это не ОВИР, не паспортный стол в милиции, это совершенно другая организация, которая объединяет несколько государственных контор в одну. А уже в самом центре находите дверку "УФМС"-загранпаспорта. Удачи Вам!