можно ли сказать, что в раскольникове боролось сознание и его теория?

Его теория - это порождение его сознания. Скорее, его подсознание (душа) боролось с теорией. В дальнейшем его чувства, эмоции по отношению к убийству, плюс знакомство со Свидригайловым привели к пониманию ошибочности теории. Т. е. через эмоции его сознание отвергло теорию.
Теория (сознание) - убийство - конфликт души и теории - понимание ошибки - очищение.