подтверждение полномочий Генерального директора в ЗАО

Вы правы, но только в той части, что действительно НЕ должны были уведомлять ФНС об изменении персонального состава акционеров.
Согласно п.п. "д" п. 1 ст. 5 ФЗ "О гос. регистрации юр. лиц и индивидуальных предпринимателей" от 08.08.2001 N 129-ФЗ (в ред. от 29.12.2012), обязанность об отражении в ЕГРЮЛ сведений о размерах и номинальной стоимости долей в уставном капитале общества, принадлежащих обществу и его участникам, установлена ТОЛЬКО в отношении ООО.
Для сведения – первоначальный состав УЧРЕДИТЕЛЕЙ АО (и ООО тоже), в ЕГРЮЛ отражается при учреждении Общества и изменению НЕ подлежит, даже в том случае, когда эти учредители выбыли из состава участников, например, продав свои акции (доли в уставном капитале).
Но Вы НЕ правы в другом. Согласно п. 6 ст. 98 ГК РФ, "АО может быть создано ОДНИМ лицом или состоять из ОДНОГО лица в СЛУЧАЕ ПРИОБРЕТЕНИЯ ОДНИМ АКЦИОНЕРОМ ВСЕХ АКЦИЙ ОБЩЕСТВА. Сведения об этом ДОЛЖНЫ содержаться в УСТАВЕ общества, быть зарегистрированы и опубликованы для всеобщего сведения."
Поэтому Вы, после приобретения ВСЕХ акций Вашего ЗАО, должны были внести в Устав ЗАО сведения о том, что с конкретной даты в 2003 г. все 100% акций ЗАО стали принадлежать ОДНОМУ лицу (хотя и без указания на персональные данные этого лица).
И для гос. регистрации этих Изменений Устава ЗАО в ИФНС необходимо было представить Заявление по форме Р13001, сами эти Изменения в Устав и Ваше Решение, как единственного участника ЗАО, об утверждении этих Изменении.
Удачи.