Продали квартиру, находящуюся в собственности менее 3 лет за ту же сумму, то есть дохода не получили. Должны ли платить н

Да, должны. Дело не в большей или меньшей сумме.

Если купили квартиру за 3 млн и через год продали за те же 3 млн, то действительно у вас нет дохода, но декларацию подать обязаны.
Налоговая база равно 0,соответственно налог тоже.

если менее 1 млн то не будете, все что свыше 1 млн. 13%

Вы имеете право на налоговый вычет в размере фактически понесенных затрат на приобретение жилья (т. е. в т. ч. и процентов по ипотеке) . Из цены продажи вычитаете цену покупки и с полученной суммы платите налог. Если получился 0, то и налог будет 0. Но декларацию подать обязаны. Читайте статью 220 НК.

Если подтвердите расходы на покупку (нужен договор купли-продажи + документы, подтверждающие оплату. например, расписка, чеки) - то налог составит 0 руб.
Если не сумеете подтвердить, что купили квартиру за ту же сумму, что и продали - налог будет исчисляться с суммы, превышающей 1 млн. руб.
В любом варианте - до 30 апреля подать декларацию обязательно. Документы, подтверждающие расходы на покупку, нужно будет приложить к декларации.