Налоговая инспекция в этом случае принимает решение о взыскании задолженности за счет денежных средств должника со счета в банке (на основании ст. 46 НК РФ) и оформляет инкассовое поручение в банк.
Инкассовое поручение - по сути то же платежное поручение, только оформленное не самостоятельно организацией, а за нее - налоговым органом. В поле 24 "Назначение платежа" при том указывается номер и дата принятого на основании статьи 46 Налогового кодекса решения. Для банка инкассовое поручение - это распоряжение списать со счета организации заявленную в нем сумму.
В банк направляется именно инкассовое поручение. Раньше оно было бумажным и направлялось письмом.
Сейчас - в большинстве случаев электронное. Направляется непосредственно в банк в особом формате (не как документ, а как закодированный файл в формате html - в документ преобразуется уже в банке особой программой) по защищенным каналам связи.