Почему через компьютер видно содержимое флешки телефона (на ней куча файлов), а когда отсоединяю от компа флешка пустая?

может глюк с телефоном?!

Потому что ваш телефон не читает эти файлы. Они ему просто ненужны

Я думаю там были полупустые папки, которые есть обычно на каждой флешке телефона. На каждой флешке телефона, на котором установлена ОС, даже если вы не устанавливали никаких приложений, все равно есть какие-нибудь файлы.