с чем это может быть связано и что делать в этом случае? плюс еще на листочку новом белые выемки ( вроде сказали что такие могут появиться если вода скапливалась, что очень даже может быть.. . 
Скорее всего пигмент из-за солнца. Орхидея не должна стоять под прямыми солнечными лучами. Но, на всякий случай, обработайте фитоспорином. Хорошо бы низ стебля обработать фундазолом (те пятна вызывают тревогу) . Орхидея слишком глубоко в горшке - ей недостаточно вентиляции воздуха - может сгнить.
Если Вы опрыскивали растение, которое на солнце, то белые пятна - следы ожогов. Капильки воды - как увеличительное стекло выжигают ткань.
Посмотрите:
Мастеркласс "Пересадка Фаленопсис": Часть I, Часть II. http://plor.ru/vyrashivanie.shtml
⇢