Можно ли бегать когда болят мышцы ног?

Лучше не надо... Присядь раз 20 и не больше

Сократите время пробега.. .
мышцы привыкнут и болеть не будут.. .
это с непривычки.. .
Бегайте

Смотря от чего они болят. Если не с того не с сего, то лучше не надо: D
А если от упражнений, то можно.