когда на клубнях бегонии вышли 2 листика, можно ли клубень засыпать землей?

Проня листиков, наверное и не увидит) )
Можете и при двух листиках, главное, чтобы листики при этом не оказались засыпанными. Я закрываю землей клубни при высоте ростков не менее 10см - так удобнее.