Можно ли с помощью карты Eye-Fi автоматически ставить геометки когда камера не ловит спутники, а WI-FI с мобильника?

Нет. Они не для этого предназначены. Они могут лишь передавать файлы: на компьютер или в сеть. Да и не только в картах проблема. Телефон или смартфон не умеют по Wi-Fi передавать координаты.