работник задержал отчет по командировке и сдал его а 4 дня позже.

Мне сдают отчеты даже через месяц после возвращения из командировки.... И что тогда? Всех штрафовать? Это не выход. Если запоздалый авансовый отчет не привел к проблемам со сдачей отчетности, то ничего страшного в этом нет. Главное, поставить нужную дату в в этом отчете, чтобы в дальнейшем не прицепились налоговые органы в случае проверки

А что это за штрафы у Вас такие? Это у Вас вторая часть зарплаты не учтенная и администрация из нее штрафы выдумывает. Почитайте трудовой кодекс, да и административный не мешает. НИКАКИЕ штрафы за опоздание со сдачей командировочных отчетов не предусмотрены. А для ликвидации просрочек по сдаче отчетов сотрудниками надо пересмотреть регламенты, а еще лучше оплачивать командировочные расходы заранее по безналу (билеты, гостиницы) а суточные выдавать исключительно в зарплату. Тогда и просрочек не будет...

Штраф - НЕЗАКОНЕН
Верните деньги работнику, пока он не догадался сбегать в трудовую инспекцию, мало не покажется.
Для дисциплинированности работников приказом укажите, что срок сдачи авансовых отчетов такой-то. Если работник в срок не отчитался - объяснительную забрать и так раза 2-3. А потом и уволить можно, за систем нарушение распоряжений начальства. (как пример)

Про штраф уже сказал. У нас постоянно такие ситуации. в ФСС как то сказали, что если не отчитался по истечении трех дней, то суммы, выданные перед командировкой автоматически идут в доход и нужно платить НДФЛ с них. Так что имейте это ввиду, если будете проводить ав. отчет позже третьего дня. А с работника на законных основаниях вычтите налог.