После отмены копирования файла, он все равно автоматически появляется на флешке и занимает лишнее место. Что делать?

При копировании файлов всегда так будет!
А вот когда Вы вырезаете и вставляете то тогда операция отменяется полностью с возвратом файла на его первое местонахождение!
В Вашем случае просто удалите его и все!

на вирусы проверял?
если есть возможность глянуть скытые файлы посмотри папку RECYCLE, открой её и удали содержимое, если там будут *.exe файлы то точно вирусня.

Вырежи! Он просто ОБЯЗАН уйти! А почему бывает? А хрен его знает...

вырежи, если не исчезнет, форматни флэшку