можно ли оформить отдельный договор купли-продажи своей доли, если у квартиры один лицевой счет, а все три доли купит оди

Можно !

А смысл?
Если у Вас квартира в собственности менее 3 лет и Вы надеетесь таким образом избежать налогов-фокус не получится. Налоговый вычет в 1 млн дается на ВСЮ квартиру, следовательно продав 1/3 хоть отдельным договором, хоть совместным, вычет у Вас будет 1/3 от 1 млн.
Если из каких-то других соображений-да ради Бога-оформляйте отдельным договором, только не забудьте дополнительно оформить от каждого сособственника нотариальный отказ от преимущественного права покупки и вложить их в пакет документов для Росреестра (остальным дольщикам при продаже своих долей следует сделать то же самое)