ООО торгует в розницу, заявление о переходе на ЕНВД не подали, была только оптовая продажа УСНО, получается что розница.

Ну на этот год с ЕНВД вы по моему пролетели, так как заявление подают до 31.03.
А лучше всего уточните в своей инспекции.
А у вас прописан доп. код ОКВЭД на розницу? Если нет-сделайте документы на него и смело подавайте с новым кодом заявление на ЕНВД.

Никто никуда не пролетел. Если хотите ЕНВД, подавайте заявление и работайте, не хотите - розница будет на УСН. Просто просчитайте, что вам выгоднее и удобнее - ЕНВД или УСН.