у меня кошка родила, котятам полтара месяца когда я беру одного на руки он начинает дрожать, хотя руки тёплые и дома теп

Боится. Видимо вовремя к рукам не приучили.

он чувствует что его плохой человек взял на руки

Берите на руки чаще - так они привыкают к рукам, что в будущем обязательно повлияет на характер в лучшую сторону и начинают быстрее развиваться.
Ничего страшного, такое бывает.

он просто боится, ничего страшного, привыкнет со временем