как правильно говорить "на Вашем счетУ 100 рублей", или "на Вашем счетЕ 100 рублей"?

Варианты различаются по значению.

счёт 2, -а, предл. на счёте и на счету, мн. счета, -ов (денежный документ; разряд финансовых операций)

счёт 1, -а и -у, предл. на счету (действие)

Верно: на текущем счёте (счету) ; на чьём-то счету; быть на счету (в ограниченном количестве) ; быть на хорошем (или плохом) счету (иметь хорошую или плохую репутацию).