Можно ложить пров настил, на армированную плёнку, не сгниёт ли у меня под ней обрешётка?

Нет нельзя!
Стропила-->Гидроизоляционная плёнка---->Контробрешётка---->Шаговая обрешётка---->Профнастил.

Между пленкой и профнастилом должен быть зазор, поэтому пленка натягивается на стропилу крепится рейками, потом обрешетка и профнастил (как написал Роман)