Можно принять сотрудника на работу 01.05.13, а приказ сделать от 06.05.13, а то база не проводит от 30.04.13?

Да можно. По хронологии и по закону - сначало заключается тудовой договор, на основании его издается приказ о приеме на работу.
Прием на работу оформляется приказом (распоряжением) работодателя, изданным на основании заключенного трудового договора (ст. 68).

В приказе пишется:
приказ от 06.05.13 № ...
....
принять на работу с 01.05.13
....
основание: ТД №...от 01.05.13