Муж с малолетним сыном едут отдыхать в СПБ. Нужно ли ему от меня разрешение на вывоз ребенка?

Анализируя вопрос и личность его задавшего, пришел к выводу, что Вы, Дмитрий, со своим супругом живете во Франции, только там гомосексуальным парам разрешили еще и детей усыновлять и воспитывать. Поэтому вполне резонно, если я порекомендую Вам поискать ответ на свой вопрос у французских спецов.
Если бы дело происходило в России, а Вы были женщиной, тогда бы я однозначно и безапелляционно ответил, что никакого разрешения не требуется.

Вроде разрешение надо только если выезд за границу.

Нет !

Откуда вывоз?

Не надо, если это - его сын.