Станции метро лежат на разной глубине. Почему когда мы едем в метро, подъезжая к очередной станции, мы этого не замечаем

подъем и спуск происходит на участке пути состава а не на станциях.

Положите мячик на пол вагона и все увидите. В Питерском метро все станции расположены на горках. Т. е. перед станцией подъем, после станции спуск.
А не чувствуете вы потому что уклон очень пологий, что бы забраться в крутые горки поезду потребуется большая мощность, а она ограниченна силой трения.

Перепад по высоте - ПЛАВНЫЙ. Метро - это не самолет, в "пике" не сваливается.