Есть ли протестантские церкви в Москве? И, если, есть, то, какие?

дохрена, google.com в помощь

Смотря какой конфессии. Есть баптистские церкви, их довольно много, есть также несколько харизматических.

протестантскими их называют православные и католики, а они называются христианские И их довольно много открой поискавик

Лютеранский храм:
† Евангелическо-лютеранская община свв. Петра и Павла в г. Москве. Адрес: Москва 101000, м. "Китай-Город", Старосадский пер. , 7/10