Нужно написать жалобу на военкомат. Но куда не знаю. Знаю что есть определенное заявление которое куда то пишется.

Друг, если ты служишь в России, твою жалобу даже смотреть не будут.

Существует Военная прокуратура.

КУда-то? Конкретно на что жалуетесь-то. Можно писать жалобу на конкретное лицо его начальнику, можно военкому. Иожете писать в вышестоящему начальнику, дах оть министру обороны, можете писать жалобу в военную прокуратуру.... Определённой заявления для всех нет. Пишите в правом верхнем углу: Должность кому вы жалуетесь например: Военному комиссару, (название военкомата) от КОГО (призывника, или рядового ...) фамилия, имя, отчество, серия и номер паспорта, адрес.. . далее посередине - Заявление или жалоба.. . и далее суть, внизу дата, роспись, фамилия.

В прокуратуру или в вышестоящий военкомат.

Вот тут много образцов заявлений по военкоматам - http://prizyvnik.info/forum/forumdisplay.php?f=38