Имеют ли значение оценки в первом дипломе при поступлении на его основании на 2 высшее?

Имеют. Для начала Вам дадут список предметов, которые надо досдавать из-за разницы в программах. , чтобы попасть на 2 или 3 курс. Некоторые же совпадающие предметы (общий блок) могут просто переставить из 1-го диплома, а у Вас там тройки.