Может ли собственник жилья выписать собственного сына, у которого малолетний ребёнок прописан в этом же доме?

нет не может.

собственник может.

сейчас можно все.

Государство - сделала всё - чтобы поссорить родственников, вплоть до братоубийства за жилплощадь! Твари мрази - депутаты!

Может.
Но надо понимать следующее:
-на каком основании собственник стал собственником квартиры.

Сложно, но можно, если у человека нет права бессрочного проживания в квартире. Бабушки и дедушки не обязаны обеспечивать жильем внуков.
Снимает с учета ФМС на основании решения суда.

Собственник может все, и малолетний вам не помеха, он же не сирота, у него есть отец, зарегистрирует его по месту жительства матери... Не волнуйтесь. подавайте в суд, такие суды обычно без проблем выигрывают собственники жилья... Скажите что намерены продавать недвижимость, а с прописанными цена занижается... А юристы любят такие суды, они стопроцентно выигрышные, поэтому юрист по гражданским делам...