Учреждение из средств добровольного пожертвования хочет примировать нескольких учащихся. Будет ли облагаться налогом?

Вы о каком налоге спрашиваете?
Если НДФЛ, то в пределах 4000 р. можно не облагать (в качестве подарка - пункт 28 статьи 217 НК РФ) . Сверх 4000 р. - 13%.