Я конечно не экстрасенс, но попробую предположить, что болят у вас, вероятнее всего, ноги (точнее: передняя и задняя поверхности бедра, икроножные мышцы и возможно ещё стопы).. . Теперь, логически размышляя, попытаюсь вычислить ваши основные ошибки: во-первых, не стоит насильно принуждать к чему-либо свой организм; во-вторых, начинать приучать себя к бегу нужно постепенно (ни в коем случае нельзя пытаться в первый же день преодолеть "марафонские" дистанции) ; и, наконец, в-третьих, перед любой физической нагрузкой в обязательном порядке нужно тщательно разминаться, дабы предварительно "разогреть" мышцы и предотвратить именно то, что вы в данный момент ощущаете...
Ну во первых.. Что болит? Во вторых через силу бегать не надо. Так что напиши подробней может что и посоветую..