Имеет ли бывший работодатель с пустя 1год и 3месяца и меня удержать излишне начисленную зп и перечисленную на карточку

Только с Вашего письменного согласия. В любом случае. Даже если Вы еще продолжаете у него работать.

если вы там больше не работаете - то как он с вас "удержит" ???

только по решению суда

1) Очень мало причин вернуть неправильную зарплату. (ч. 3. ст 1109 ГК РФ)
2) Срок давности 1 год (ч. 2 ст 392 ТК РФ)