Работникам АЗС! В случае недостачи при приёме топлива на АЗС, претензия перевозчику предъявляется в литрах или в кг?

Вы в чём ведёте учёт, в том и претензии предъявляйте. В накладной, может, и обе единицы измерения написаны, но Вы-то счёта за поставку оплачиваете по конкретному тарифу, а не так, что сегодня за литры платите, завтра за тонны.