получила паспорт там отчество указано Vasil9evna это ошибка? или так и должно быть?

А что Вам понадобилось в машиночитаемой строке? Она не для Вас, а для специальных считывателей информации. Что и как там написано Вас не касается абсолютно!

Здесь: http://bestpravo.ru/federalnoje/ea-dokumenty/o4v.htm можете почитать правила формирования данной строки.

в идеале должно было выглядеть так: Vasilievna
рядом с буквой i стоит цифра 9, накосячили

Это опечатка работника, пусть заменят паспорт на другой, вам с ним жить, а не отвечающим на вопросы!

все правильно,
На клавиатуре рядом ни с L ни с E нет девятки, даже по русски если печатать . Ошибиться никак не мог. Там автомат пишет