Надо ли в предложении "В гнезде лежали четыре яйца" подчеркивать "четыре яйца" как подлежащее, а не просто "яйца"?

Одним из способов выражения подлежащего является словосочетание, которое состоит из имени числительного (количественного) и имени существительного при нем. При этом существительное, обозначающее исчисляемые предметы, ставится в родительном падеже.
Именно такой случай в Вашем предложении: ЧЕТЫРЕ ЯЙЦА - подлежащее.