Какая транскрипция у старославянского Ѣ (ять)?

"Ять" был упразднен из-за дублирования "Е" ("есть") в современном русском языке, то есть он транскрибируется как "е". Ну а если вникнуть как же он на самом деле читался в древности, то читался он как дифтонг "ие". Так что, тут смотря с какой целью Вы и какой источник транскрибируете.