Чтобы отправить программу в JAVA достаточно лишь отправить файл .java?

Что значит отправить? Куда?

Если ты о компиляции, то можно даже не использовать IDE(компиляция в консоли) .
При компиляции .java преобразуется в .exe

Java часто интерпретируемый язык, а значит у вас будет на компьютере байт-код. С ним и будут происходить дальнейшие действия.