Ставиться ли в этом случае запятая перед "Что"? Когда понимаешь что он похож на....

Запятая обязательно нужна, потому что это сложноподчинённое предложение, то есть от одного предложения к другому можно задать вопрос. Когда понимаешь (что понимаешь?) , что он похож на.. . Удачи!!!