Добрый день, Дмитрий! Советую подать уведомление в ИФНС по месту нахождения организации, а не обособленного подразделения, так как об открытии и о закрытии счета организация обязана письменно сообщить в инспекцию по месту ее нахождения в течение семи дней со дня его открытия или закрытия (пп. 1 п. 2 ст. 23 НК РФ) . Отдельно не оговорено, что указанный срок установлен в календарных днях, поэтому он исчисляется в рабочих днях (п. 6 ст. 6.1 НК РФ) .
Тогда формально Вы выполните требования НК.
Имеется судебное решение (Постановление ФАС Северо-Западного округа от 09.04.2009 по делу N А56-40961/2008), согласно которому направление сообщения об открытии (закрытии) счета в инспекцию по месту нахождения обособленного подразделения, а не по месту нахождения самой организации влечет ответственность по ст. 118 НК РФ.
Не забудьте, что также в течение семи рабочих дней компания должна уведомить об открытии или о закрытии счета отделения ПФР и ФСС РФ, в которых она состоит на учете (п. 6 ст. 4 и п. 1 ч. 3 ст. 28 Федерального закона от 24.07.2009 N 212-ФЗ, далее - Закон N 212-ФЗ) .