Можно ли оплатить налог на квартиру в другом городе?

Конечно, узнать реквизиты налоговой в том другом городе и на них оплатить налог

А можно и через сайт налоговой заплатить.

Можно, Вы же платите не в налоговой, а в сбербанке. Вам нужно просто распечатать на сейте налоговой свои квитанции для оплаты и сходить с ними в банк. Сайт налоговой - личный кабинет