Ну
Нурканат
Быстрее всего (если не считать самолётов, конечно) - прямым московским поездом. Там, правда, ночное прибытие.
В те дни, когда есть прямой поезд - на нем. Томич ходит круглый год по нечетным, в пути 14.5 часов, Томск - Анапа - летом по четным, зимой по определенным датам, в пути 16.5 часов.
Если вам нужно ехать в другой день или в другое время суток, поезжайте автобусом / маршруткой до Новосибирска (4-5 час), оттуда много поездов и 9 часов в пути.